おぉ。コメント頂いたとおりEvent.observe()で括ってみたら種々の問題が一気に解決しました。しかし、不思議なことが１点。Event.observeの追加により動作するようになったのですがあらためてその挙動を調べてみようと思い、再度このEvent.objserveを取って実行してみたのですが不思議なことにもう再現しませんでした。修正を入れる前のIE6の挙動は記憶を頼りに書き出してみると、

1. プログレスバーが変な位置（スプラッシュロゴの上部）に表示されていた。
2. メッセージ表示用のバー（えんじ色のやつ）がトップ画面・メニューの下に画面幅一杯に表示されていた。しかも消えない。
3. この時点でIEのステータスバーの左下にエラー発生を示すアラートがあった。
4. ログインボタンを押下してもやっぱりIEのステータスバー左下にエラー発生のアラートが表示されていた
5. ログインボタンをおしてもIDとパスワードを入力する画面は表示されなかった

と、まあ現象的にはこんなところです。4./5.の時点でIEのエラー発生を示すアイコンをクリックすると詳細が見れるのですがその詳細までは残念ながら覚えていません。historyコマンドを叩いてみたら、grep DatePickerとしていたので少なくともエラーの1つはDatePickerが見つからないというエラーだったように記憶しています。何かの理由で、spinelzライブラリがimportされていなかったのでしょうか？気持ちが悪いのでこの後、会社の別のマシン（Redhat9）でこっそり試してみたのですがこちらは一発でうまくいっちゃいました。ますますなぞです。なんかマイサーバには環境的な問題があるのかもしれません。なにしろ無計画に色んなもの突っ込んでいるのでなにがどうなっているやら...

とりあえず、メイン環境（Mac/Safari）で動作確認可能な状態にまでもってこれたのでこれから色々試してみます。それにしてもプログラミングってデリケートだね。だからこそ面白いのかも知れないけれど。